Отделение гнойной хирургии оказывает круглосуточную экстренную и плановую квалифицированную и специализированную медицинскую помощь пациентам с хирургической инфекцией и термической травмой с использованием современных принципов лечения ран и раневой инфекции.
Отделение работает в тесном сотрудничестве с Медицинским институтом БГУ. На базе БСМП есть кафедра госпитальной хирургии. Ежегодно интерны и ординаторы Медицинского института получают базовые навыки ведения пациентов с хирургической инфекцией.
В отделении осуществляется круглосуточная заочная и по линии санитарной авиации консультативная медицинская помощь пациентам с термическими травмами, находящимся на лечении в медицинских учреждениях города Улан-Удэ и Республики Бурятия.